La colline où se dresse aujourd'hui la basilique saint-François et où reposent la dépouille du saint d'Assise était communément appelée "colline de l'enfer" au début des années 1200, probablement parce que c'était le lieu où les condamnations à mort étaient exécutées et qu'elle était aussi une sorte de décharge municipale. Lorsque François mourut dans la petite église de la Portioncule le 3 octobre 1226 - dans la soirée - son corps fut immédiatement transporté en ville, à l'intérieur des murs d'Assise, et enterré dans l'église Saint-Georges, qui correspond à la chapelle du Crucifix dans l'actuelle basilique sainte-Claire. Entre-temps, au printemps 1227, la colline de l’enfer a été donnée au pape Grégoire IX, qui a ordonné la construction d'une église pour abriter le corps de saint François.
François est arrivé à l'Alverne à la fin de l'été 1224 avec d'autres frères dont le frère Léon. Un peu moins d'un an auparavant, le Pape Honorius III avait approuvé la Règle, mais les dissensions au sein de l'Ordre ne sont pas terminées, comme le montrent par exemple les nouvelles spécifications du Testament rédigé par l'Assisate en 1226, quelques mois avant sa mort. Le climat n'est pas complètement réconcilié et François fuit la vue des frères pour ne pas être vu de travers. Les différentes âmes parmi les frères, mais dans un certain sens au sein de François lui-même, continuaient à être en tension.
Le pape et sa curie se déplaçaient souvent hors de Rome, à la fois pour s'abriter de la chaleur estivale et pour échapper aux émeutes urbaines, mais aussi pour visiter les territoires pontificaux. Parmi les différentes villes où il a séjourné, il y avait Rieti, où Frère François a été emmené plusieurs fois par Frère Elie, notamment pour faire soigner ses yeux par des médecins de garde à la curie papale. Pour cette raison, la vallée de Rieti et en particulier les ermitages de Fonte Colombo, La Foresta, Poggio Bustone et Greccio (lieu devenu célèbre pour son lien avec la naissance de la crèche) sont indissociables de l'histoire des Franciscains.
Le premier biographe du saint raconte que pendant que François priait dans l'église de Saint Damien, située juste à l'extérieur des murs de la ville, il fut appelé à réparer l'église en ruine. C'est un fait que l'Assisiate, voulant vivre la forme du saint Évangile en suivant les traces de Jésus, a aidé l’Église comme communauté ecclésiale, à un moment de crise particulière, à vivre une vraie réforme en signalant par sa vie et ses paroles diverses questions non résolues.
Dans la plaine au-dessous d'Assise, le terrain boisé a été récupéré par l’effort des moines. Ils y construisent une chapelle dédiée à Sainte Marie des Anges, bien qu'au cours des siècles elle soit connue sous le nom de Portioncule. François, fils de Pierre de Bernardone l'a fréquenté de façon particulière après son changement de vie en faisant miséricorde aux lépreux, et surtout lors de la création d'une fraternité évangélique qui, dès le début de 1220, deviendra l'Ordre des Frères Mineurs.