Dans la plaine au-dessous d'Assise, le terrain boisé a été récupéré par l’effort des moines. Ils y construisent une chapelle dédiée à Sainte Marie des Anges, bien qu'au cours des siècles elle soit connue sous le nom de Portioncule. François, fils de Pierre de Bernardone l'a fréquenté de façon particulière après son changement de vie en faisant miséricorde aux lépreux, et surtout lors de la création d'une fraternité évangélique qui, dès le début de 1220, deviendra l'Ordre des Frères Mineurs.
Après une présence sporadique vivant essentiellement le long de la route, avec les années elle se stabilisa et ainsi dans la Règle de 1221, qui ne reçut pas la confirmation papale par une bulle, il est dit que "tous les ministres, qui sont dans les régions d'outre-mer et transalpines, viennent une fois tous les trois ans, et les autres ministres une fois par an, au chapitre de la Pentecôte à l'église de Sainte Marie de la Portioncule". Mais déjà en 1216, Jacques de Vitry décrit de tels rassemblements appelés chapitres dans lesquels les frères "avec un avantage considérable se réunissent une fois par an au lieu fixé pour se réjouir dans le Seigneur et manger ensemble. C'est là que, se prévalant des conseils de personnes érudites, ils formulent et promulguent leurs saintes lois, confirmées par le seigneur pape". Même si la Règle approuvée par le Pape Honorius III par la bulle Solet annuere du 29 novembre 1223 stipule de manière plus générique que la rencontre doit avoir lieu " là où elle sera établie par le ministre général ", il est un fait que la chapelle située au dessous d'Assise est principalement le lieu des chapitres, c'est-à-dire de ces moments de rencontre, de dialogue, mais aussi de confrontation , dans lesquels les frères comparent leur vie avec la forme du saint Évangile et vice versa dans le désir commun de suivre les traces du Seigneur Jésus-Christ.
Ce choix de vie n'a pas été facile, il y a même eu de vrais moments de tension - comme l'illustre le récit Della vera letizia (De la vraie joie) qui se déroule à Sainte Marie des Anges - mais c'est un fait que Frère François a voulu y retourner dans les derniers moments de sa vie après avoir écrit dans son Testament aussi lapidaire que profond : " Le Seigneur m'a donné des frères ". Il mourut entouré des frères et d'autres personnes - dont la noble romaine Jacopa Settesoli - en 1226, le samedi soir, alors que liturgiquement c'était déjà le dimanche, qui tombait cette année-là le 4 octobre, jour où l'on célèbre encore son dies natalis, ou naissance au ciel, autrement dit son transitus. Dès qu'il fit jour, son corps, passant par Saint Damien pour être salué par la communauté, y compris Claire, fut transporté dans l'église de Saint Georges où il resta jusqu'à son transfert définitif dans la basilique sépulcrale qui lui est dédiée, construite sur ordre du pape Grégoire IX sur les pentes du mont Subasio.
Au cours des siècles, la Portioncule a été entourée d'une vénération particulière en tant que lieu marial du pardon, à tel point que c'est de là que le pape Jean-Paul II a voulu faire partir une journée interreligieuse de pèlerinage, de jeûne et de prière pour la paix le 27 octobre 1986.
