Na równinie pod Asyżem przeprowadzono meliorację terenów leśnych, w czym ważną rolę odegrali mnisi, i zbudowano tam również kaplicę pod wezwaniem Matki Boskiej Anielskiej, choć przez wieki będzie ona znana jako Porcjunkula.
Franciszek, syn Piotra Bernardone, uczęszczał do niej w sposób szczególny po swoim nawróceniu, jakie nastąpiło po okazaniu miłosierdzia wobec trędowatych, a zwłaszcza po utworzeniu braterskiej wspólnoty ewangelicznej, która od lat dwudziestych XIII wieku stała się Zakonem Braci Mniejszych. Początkowo obecność braci była sporadyczna, ale z biegiem lat ustabilizowała się i tak Reguła z 1221 r., która nie została potwierdzona bullą papieską, stwierdza, że „wszyscy ministrowie krajów leżących za morzem lub za górami powinni się zbierać raz na trzy lata, a inni ministrowie raz na rok, na kapitułę w Zielone Święta w kościele Świętej Maryi w Porcjunkuli” (1 Reg 18). Ale już w 1216 r. Jakub z Vitry opisuje takie zebrania, zwane kapitułami, na których bracia „ze znaczną korzyścią zbierają się raz w roku w wyznaczonym miejscu, aby radować się w Panu i wspólnie spożywać posiłki. Tutaj, korzystając z rad ekspertów, formułują i ogłaszają swoje święte prawa, potwierdzone przez papieża”. Chociaż Reguła zatwierdzona przez papieża Honoriusza III bullą Solet annuere z 29 listopada 1223 r. stwierdza bardziej ogólnie, że spotkanie powinno odbywać się „w miejscu wyznaczonym przez ministra generalnego” (2 Reg 8), faktem pozostaje, że kaplica znajdująca się pod Asyżem jest głównie miejscem kapituł, czyli tych momentów spotkania, konfrontacji, ale i sporów, w których bracia porównują życie ze świętą Ewangelią, i odwrotnie – we wspólnym pragnieniu pójścia śladami Pana Jezusa Chrystusa.
Ten wybór życia nie był łatwy, bowiem zdarzały się prawdziwe momenty napięć, co ilustruje opowiadanie O prawdziwej radości, osadzone właśnie u Matki Boskiej Anielskiej, lecz faktem jest, że Franciszek chciał tam powrócić w ostatnich chwilach swojego życia, po tym jak w swoim Testamencie napisał w sposób równie lapidarny, co głęboki: „Pan dał mi braci” (T 5). Zmarł w otoczeniu braci i innych osób – w tym rzymskiej szlachcianki Jakobiny Settesoli – w sobotę wieczorem w 1226 r., gdy liturgicznie była już niedziela, która w tamtym roku przypadała 4 października, czyli dzień, w którym do dziś obchodzi się jego dies natalis, a więc narodziny dla nieba, zwane inaczej transitusem. Gdy tylko nastał dzień, jego ciało przeniesiono koło kościoła św. Damiana, by pożegnała go wspólnota sióstr, w tym Klara, i złożono w kościele św. Jerzego, gdzie pozostało aż do ostatecznego pogrzebania w poświęconej mu bazylice zbudowanej na polecenie papieża Grzegorza IX na zboczach góry Subasio.
Na przestrzeni wieków Porcjunkula była otaczana szczególną czcią jako maryjne miejsce przebaczenia, do tego stopnia, że to właśnie stamtąd 27 października 1986 r. papież Jan Paweł II chciał rozpocząć dzień postu i modlitwy o pokój z przedstawicielami różnych religii świata.
