En la llanura bajo Asís se recuperó el bosque, obra en que los monjes desempeñaron un papel importante, y también se construyó allí una capilla dedicada a Santa María de los Ángeles, aunque con el paso de los siglos se conocería como la Porciúncula.
Francisco de Pedro de Bernardone lo frecuentó de manera especial tras su cambio de vida al hacer misericordia con los leprosos, y sobre todo cuando se estableció en una fraternidad evangélica, que desde principios de la década de 1320 se convertiría en la Orden de Hermanos Menores. Después de que la presencia fuera esporádica viviendo básicamente a lo largo del camino, con los años se hizo más estable y así, en la Regla de 1221, que no recibió confirmación Papal mediante una bula, se afirma que «todos los ministros, que estén en las regiones de ultramar y transalpinas, vengan una vez cada tres años, y los demás ministros una vez al año, al Capítulo de Pentecostés en la iglesia de Santa María de la Porciúncula» (Rnb XVIII). Pero ya en 1216 Jacobo de Vitry describe tales reuniones llamadas Capítulos en las que los hermanos «con considerable ventaja se reúnen una vez al año en el lugar señalado para regocijarse en el Señor y comer juntos. Aquí, valiéndose del consejo de personas doctas, formulan y promulgan sus santas leyes, confirmadas por el señor Papa». Aunque la Regla aprobada por el Papa Honorio III mediante la bula Solet annuere del 29 de noviembre de 1223 establece de forma más genérica que la reunión debe tener lugar «donde sea que lo establezca el ministro general», es un hecho que la capilla bajo Asís es principalmente el lugar de los capítulos, es decir, de esos momentos de encuentro, de confrontación, pero también de choque, en los que los hermanos confrontaban sus vidas con la forma del Santo Evangelio y viceversa, en el deseo común de seguir las huellas del Señor Jesucristo.
Esta opción de vida no fue fácil, de hecho hubo momentos de verdadera tensión – como ilustra el relato De la verdadera y perfecta alegría ambientado precisamente en Santa María de los Ángeles –, pero es un hecho que el hermano Francisco quiso volver allí en los últimos momentos de su vida, después de escribir en su Testamento tan lapidario como profundo: «El Señor me dio hermanos». Murió rodeado de hermanos y otras personas –entre ellas la noble romana Jacopa Settesoli– en 1226, el sábado por la noche, cuando litúrgicamente ya era domingo, que ese año cayó el 4 de octubre, día en que aún se celebra su dies natalis, o nacimiento al cielo también conocido como tránsito. En cuanto se hizo de día, su cuerpo, al pasar por San Damián para ser saludado por la comunidad -incluida Clara-, fue llevado a la iglesia de San Giorgio, donde permaneció hasta su traslado definitivo a la basílica sepulcral dedicada a él, construida a instancias del Papa Gregorio IX en las laderas del monte Subasio.
A lo largo de los siglos, la Porciúncula estuvo rodeada de una particular veneración como lugar mariano del perdón, hasta el punto de que fue desde allí desde donde el Papa Juan Pablo II quiso iniciar una jornada interreligiosa de peregrinación, ayuno y oración por la paz el 27 de octubre de 1986.
