La colina donde hoy se levanta la Basílica de San Francisco y reposan los restos mortales del Santo de Asís, era comúnmente conocida como la Colina del Infierno (Colle dell’inferno) a principios del 1200, probablemente porque era el lugar donde se ejecutaban las sentencias de muerte y también era una especie de vertedero de la ciudad.
Francisco llegó al Alverna a finales del verano de 1224 junto con otros hermanos, entre ellos el hermano León. Poco menos de un año antes, el Papa Honorio III había aprobado la Regla, pero el enfrentamiento en el seno de la Orden minorita no había terminado, como lo demuestran, por ejemplo, las nuevas especificaciones del Testamento escrito por el Asisiate en 1226, pocos meses antes de su muerte. El clima no se reconcilió del todo y Francisco huyó de la vista de los hermanos para no verse enturbiado.
El Papa y su curia viajaban a menudo fuera de Roma, tanto para refugiarse del calor estival como para escapar de los disturbios de la ciudad, pero también para visitar los territorios pontificios. Entre las diversas ciudades en las que permaneció estaba Rieti, adonde el hermano Francisco fue llevado varias veces por el hermano Elías, principalmente para que los médicos de guardia de la curia papal le trataran los ojos. Por este motivo, el valle de Rieti y, en especial, las ermitas de Fonte Colombo, La Foresta, Poggio Bustone y Greccio, lugar que se ha hecho tan famoso por su relación con el nacimiento del pesebre, están inseparablemente ligados a la historia franciscana.
El primer biógrafo del santo cuenta que, mientras Francisco rezaba en la iglesia de San Damián, situada a las afueras de las murallas de la ciudad, fue llamado para reparar la iglesia en ruinas. Es un hecho que el Asisiano, queriendo vivir la forma del Santo Evangelio siguiendo las huellas de Jesús, ayudó a la comunidad eclesial en un momento de particular crisis a vivir una verdadera reforma, señalando con su vida y sus palabras varias cuestiones que estaban sin resolver.
En la llanura bajo Asís se recuperó el bosque, obra en que los monjes desempeñaron un papel importante, y también se construyó allí una capilla dedicada a Santa María de los Ángeles, aunque con el paso de los siglos se conocería como la Porciúncula.