Francisco llegó al Alverna a finales del verano de 1224 junto con otros hermanos, entre ellos el hermano León. Poco menos de un año antes, el Papa Honorio III había aprobado la Regla, pero el enfrentamiento en el seno de la Orden minorita no había terminado, como lo demuestran, por ejemplo, las nuevas especificaciones del Testamento escrito por el Asisiate en 1226, pocos meses antes de su muerte. El clima no se reconcilió del todo y Francisco huyó de la vista de los hermanos para no verse enturbiado.
Las diferentes almas entre los hermanos, pero en cierto sentido dentro del propio Francisco, seguían en tensión. Y fue en este clima cuando se retiró al Alverna, un lugar lleno de rocas -que según cierta tradición se partieron en el momento de la muerte de Jesús-, pero también -como otras ermitas franciscanas- un lugar “micaélico”, es decir, donde se rendía culto al Arcángel Miguel, un santo particularmente venerado por el Asisiate.
El hermano León, en autógrafo con tinta roja -junto a la bendición que le envió Francisco-, escribió que en el Alverna Francisco tuvo la visión de un serafín, una conversación con él y más tarde la impresión de los estigmas. Los serafines, ángeles inflamados de amor, están muy presentes en sus oraciones; la conversación con uno de ellos dará lugar a innumerables profecías atribuidas al Santo de Asís, mientras que los estigmas serán descritos y leídos teológicamente de diferentes maneras. Lo cierto es que después de este acontecimiento compuso las Alabanzas al Dios Altísimo, que han llegado hasta nosotros de forma autobiográfica.
Subió al Alverna todavía sometido a una gran tentación y descendió reconciliado, es decir, con la conciencia de la presencia constante y benévola del Señor. Con el paso de los años, este eremitorio se convertiría en punto de referencia para quienes deseaban conocer mejor la experiencia cristiana de San Francisco (entre ellos cabe citar especialmente a Buenaventura de Bagnoregio y Ubertino de Casale). No en vano, se convirtió en un lugar muy significativo para quienes querían observar la Regla minorita de forma más radical.
