Franciszek przybył na Alwernię późnym latem 1224 r. wraz z innymi braćmi, w tym z bratem Leonem. Nieco mniej niż rok wcześniej papież Honoriusz III zatwierdził Regułę, ale konfrontacja w Zakonie nie została zakończona, o czym świadczą np. dalsze uściślenia zawarte w Testamencie napisanym przez asyżanina w 1226 r., kilka miesięcy przed śmiercią. Atmosfera nie była do końca pojednawcza i Franciszek uciekał przed wzrokiem braci, aby nie pokazywać się sposępniałym.
U różnych braci, ale w pewnym sensie także u Franciszka, nadal pojawiały się napięcia. I właśnie w takiej atmosferze wycofuje się na Alwernię, miejsce pełne skał, które według pewnej tradycji popękały w momencie śmierci Jezusa, ale także, jak inne pustelnie franciszkańskie, miejsce micaelico, czyli takie, gdzie istniał kult Michała Archanioła, świętego szczególnie czczonego przez asyżanina.
Brat Leon napisał czerwonym atramentem obok błogosławieństwa przesłanego mu przez Franciszka, że na Alwerni miał on wizję serafina, rozmawiał z nim, a następnie otrzymał stygmaty. Serafini, aniołowie rozpaleni miłością, zajmują ważne miejsce w jego modlitwach. Rozmowa z jednym z nich da początek niezliczonym proroctwom przypisywanym Świętemu z Asyżu, zaś stygmaty będą opisywane i teologicznie odczytywane na różne sposoby. Faktem jest, że po tym wydarzeniu ułożył on uwielbienie Boga Najwyższego, które dotarło do nas w formie autobiograficznej.
Wstępuje na Alwernię będąc jeszcze poddanym wielkiej pokusie, lecz schodzi pogodzony, to znaczy ze świadomością nieustannej i życzliwej obecności Pana. Z biegiem lat ta pustelnia będzie punktem odniesienia dla tych, którzy chcieli lepiej zrozumieć chrześcijańskie doświadczenie św. Franciszka, a wśród nich należy wymienić przede wszystkim Bonawenturę z Bagnoregio i Hubertino z Casale. Nie bez powodu stała się bardzo znaczącym miejscem dla tych, którzy chcieli bardziej radykalnie przestrzegać Regułę.
