El primer biógrafo del santo cuenta que, mientras Francisco rezaba en la iglesia de San Damián, situada a las afueras de las murallas de la ciudad, fue llamado para reparar la iglesia en ruinas. Es un hecho que el Asisiano, queriendo vivir la forma del Santo Evangelio siguiendo las huellas de Jesús, ayudó a la comunidad eclesial en un momento de particular crisis a vivir una verdadera reforma, señalando con su vida y sus palabras varias cuestiones que estaban sin resolver.
Tras el cambio de vida en 1206 aproximadamente y antes del establecimiento de la fraternidad minorita un par de años más tarde, Francisco, entre otras obras penitenciales, se dedicó también a la restauración de iglesias, entre ellas la de San Damián, donde Clara viviría desde 1211 aproximadamente. A pesar de pertenecer a una familia noble, ésta, junto con su comunidad, optó por la pobreza en la que no era ajena la precariedad por falta de bienes necesarios como pan y aceite, así como las pruebas por la enfermedad, asaltos de enemigos e incluso plagas de ratas para cuya defensa se admitían gatos. Francisco volvió allí de vez en cuando, mientras que en 1225 pasó en ese mismo lugar un período más largo, por entonces enfermo y ciego; en un momento de particular sufrimiento, transfigurado por la promesa pascual, compuso el Cántico de las creaturas en el que, comenzando por el Hermano Sol, en una alternancia de masculino y femenino, alaba al Señor por, pero también a través de, toda realidad creada. También hay una estrofa autobiográfica en la que se menciona a los afligidos que padecen enfermedades; más tarde añadió a los «que perdonan» para reconciliar al obispo con el podestá, cuyo conflicto había adquirido niveles ominosos para toda Asís.
Desde el momento de la canonización, el 16 de julio de 1228 –significativamente el día de la muerte de Inocencio III–, también en San Damián cada 4 de octubre deben celebrar solemnemente la fiesta de San Francisco, cosa que Clara hizo durante unos buenos veinticinco años con toda la fuerza performativa de la liturgia. Fuertemente anclada en el recuerdo de sus comienzos, rechazó cualquier propuesta papal y quiso enérgicamente una regla, la cual sería confirmada por Inocencio IV pocos días antes de su muerte, el 11 de agosto de 1253. Su cuerpo fue llevado dentro de las murallas de la ciudad a la iglesia de San Jorge, donde toda la comunidad se unió a ella, mientras que en San Damián, los Hermanos Menores viven allí hasta el día de hoy.
