Pierwszy biograf opowiada, że gdy św. Franciszek modlił się w kościele św. Damiana, położonym tuż za murami miasta, został wezwany do naprawy zrujnowanego Kościoła. Faktem jest, że asyżanin, chcąc żyć według świętej Ewangelii, idąc śladami Jezusa, pomógł wspólnocie kościelnej w czasie szczególnego kryzysu przeprowadzić prawdziwą reformę, wskazując swoim życiem i przepowiadaniem różne kwestie wydające się być nierozwiązywalne.
Po przemianie życia około 1206 r., a przed założeniem kilka lat później wspólnoty zakonnej, Franciszek, oprócz innych dzieł pokutnych, poświęcił się także renowacji kościołów, w tym kościoła św. Damiana, przy którym od około 1211 r. zamieszkała Klara. Mimo że pochodziła ona ze szlacheckiej rodziny, wraz ze swoją wspólnotą wybrała ubóstwo, gdzie nieobca była niepewność z powodu braku niezbędnych dóbr, takich jak chleb i olej, jak również doświadczenie chorób, napady wrogów, a nawet plagi mysz, przed których obroną można było mieć koty. Franciszek powracał tam od czasu do czasu, a w 1225 r. spędził tam dłuższy okres, będąc już wtedy chorym i prawie niewidomym. W chwili szczególnego cierpienia, przemieniony obietnicą paschalną, ułożył Pieśń stworzeń, w której, poczynając od słońca, na przemian w rodzaju męskim i żeńskim, wychwala Pana „za”, ale i „przez” wszelką rzeczywistość stworzoną. Jest też strofa autobiograficzna, wspominająca o strapionych, którzy znoszą słabości; później dodaje jeszcze tych, „którzy przebaczają”, aby pogodzić biskupa z podestą, gdyż konflikt między nimi przybrał fatalne rozmiary dla całego Asyżu.
Od momentu kanonizacji 16 lipca 1228 r. – znamienny dzień śmierci Innocentego III – również w kościele św. Damiana każdego 4 października uroczyście obchodzi się święto św. Franciszka, co Klara czyniła przez 25 lat z całą performatywną mocą liturgii. Dobitnie zakotwiczona w pamiętnych początkach, odrzucała wszelkie propozycje papieskie i usilnie domagała się Reguły, którą zatwierdził Innocenty IV na kilka dni przed jej śmiercią 11 sierpnia 1253 r. Jej ciało zostało przeniesione w obręb murów miejskich, do kościoła św. Jerzego, zaś przy kościele św. Damiana do dziś przebywają bracia mniejsi.
