La colline où se dresse aujourd'hui la basilique saint-François et où reposent la dépouille du saint d'Assise était communément appelée "colline de l'enfer" au début des années 1200, probablement parce que c'était le lieu où les condamnations à mort étaient exécutées et qu'elle était aussi une sorte de décharge municipale. Lorsque François mourut dans la petite église de la Portioncule le 3 octobre 1226 - dans la soirée - son corps fut immédiatement transporté en ville, à l'intérieur des murs d'Assise, et enterré dans l'église Saint-Georges, qui correspond à la chapelle du Crucifix dans l'actuelle basilique sainte-Claire. Entre-temps, au printemps 1227, la colline de l’enfer a été donnée au pape Grégoire IX, qui a ordonné la construction d'une église pour abriter le corps de saint François.
Les travaux commencèrent au cours de l'été 1227 et, à la fin du mois de mai 1230, le corps fut solennellement transféré dans la nouvelle basilique, déclaré par le pape "Caput et Mater" de tout l'Ordre des Frères Mineurs et déposé sous le maître-autel.
Le projet architectural fut confié au frère Elie de Cortone, compagnon de saint François et général de l'Ordre, qui ordonna la construction d'une église inférieure, destinée à servir de crypte, et d'une église supérieure, de style gothique, pour les grandes célébrations, érigée immédiatement après l'église inférieure.
De grands artistes ont été appelés à décorer les murs de cet ensemble - Cimabue, Giotto, Simone Martini, Pietro Lorenzetti - qui ont peint des passages de la vie du Christ, des personnages de l'Ancien Testament, saint François et d'autres saints. Sur les voûtes au-dessus du maître-autel de l'église inférieure, représentées par Giotto, figurent les allégories des vœux religieux de pauvreté, de chasteté et d'obéissance et la gloire de saint François.
Sur les murs latéraux de l'église supérieure se trouvent 28 grandes fresques représentant des scènes de la vie de saint François, attribuées à Giotto et à ses collaborateurs.
À l'époque post-napoléonienne, des fouilles ont été réalisées pour établir le lieu exact de la sépulture de saint François et pouvoir procéder à la reconnaissance de son corps, et la crypte a été construite, qui a ensuite été remaniée dans le style néo-roman, tel que nous le connaissons aujourd'hui. Depuis lors, les millions de pèlerins, de touristes et de pèlerins qui visitent Assise chaque année ont un accès étroit à la tombe du père séraphique saint François, qui est également entourée des urnes contenant les restes de quatre des frères les plus proches du saint : Leon, Masseo, Angelo et Rufino, et du "frère" Jacopa, une noble romaine, tertiaire franciscaine, très proche de François.
Les papes saint Jean XXIII, saint Jean-Paul II, Benoît XVI et François sont venus à plusieurs reprises en pèlerinage sur la tombe de saint François, pour demander avant tout le don de la paix, en communion avec les hommes et les femmes des autres communautés chrétiennes et des différentes confessions. En particulier le 3 octobre 2020, pendant la pandémie de Covid-19, le pape François a décidé de signer son encyclique Fratelli tutti sur la fraternité et l'amitié sociale sur l'autel de la crypte, au pied de l'urne qui contient les restes de saint François.
