Il colle dove oggi sorge la Basilica di San Francesco e riposano le spoglie mortali del Santo di Assisi, all’inizio del 1200 era comunemente noto come Colle dell’inferno, probabilmente perché era il luogo in cui venivano eseguite le condanne capitali ed era altresì una sorta di discarica cittadina.
Morto Francesco presso la chiesetta della Porziuncola il 3 Ottobre 1226 – di sera – il suo corpo viene subito portato in città, dentro le mura di Assisi, ed è sepolto presso la chiesa di San Giorgio, che corrisponde alla cappella del Crocifisso dell’attuale Basilica di Santa Chiara. Nel frattempo nella primavera del 1227 il Colle dell’inferno viene donato a Papa Gregorio IX, il quale dispone la costruzione di una chiesa per ospitare il corpo di San Francesco. I lavori cominciano nell’estate del 1227 e a fine Maggio 1230 esso è solennemente traslato nella nuova Basilica, dichiarata dal pontefice “Caput et Mater” di tutto l’Ordine dei Minori, ed è deposto al di sotto dell’altare maggiore.
Il progetto architettonico fu affidato a frate Elia da Cortona, compagno di San Francesco e Generale dell’Ordine minoritico, che dispose la costruzione di una chiesa inferiore, intesa come cripta, e di una chiesa superiore, in stile gotico, per le grandi celebrazioni, eretta subito dopo la l’inferiore.
Furono chiamati grandi artisti a decorare le pareti di questo complesso – Cimabue, Giotto, Simone Martini, Pietro Lorenzetti – che hanno dipinto le storie della vita di Cristo, dei personaggi dell’Antico Testamento, di San Francesco e altri santi. Sulle volte che sovrastano l’altare maggiore della chiesa inferiore, rappresentate da Giotto, troviamo le allegorie dei voti religiosi di povertà, castità e obbedienza e la gloria di San Francesco.
Sulle pareti laterali della chiesa superiore trovano posto 28 grandi affreschi con scene della vita di San Francesco, attribuiti a Giotto e collaboratori.
In epoca post-napoleonica vennero fatti degli scavi per stabilire il luogo esatto della sepoltura di San Francesco e poter svolgere la ricognizione del suo corpo e venne realizzata la cripta che in seguito fu rielaborata in stile neoromanico, così come la conosciamo oggi. Da allora i milioni di pellegrini, turisti e devoti che annualmente si recano ad Assisi hanno accesso da vicino alla tomba del Serafico Padre San Francesco, attorniato anche dai resti mortali di quattro tra i frati più vicini al Santo: Leone, Masseo, Angelo e Rufino, e di “frate” Jacopa, nobile donna romana, terziaria francescana, molto vicina a Francesco.
I Papi San Giovanni XXIII, San Giovanni Paolo II, Benedetto XVI e Francesco sono venuti più volte pellegrini presso la tomba di San Francesco, per chiedere soprattutto il dono della pace, in comunione con uomini e donne di altre comunità cristiane e di fedi diverse. In modo particolare il 3 Ottobre 2020, durante la pandemia, Papa Francesco ha deciso di firmare la sua Enciclica Fratelli tutti sulla fraternità e l’amicizia sociale sull’altare della cripta, ai piedi dell’urna che custodisce i resti di San Francesco.
