Il Papa con la sua curia spesso si spostava fuori Roma sia per ripararsi dal caldo estivo, sia per fuggire da tumulti cittadini ma anche per visitare i territori pontifici. Tra le varie città in cui dimorava vi fu anche Rieti dove frate Francesco fu condotto varie volte da frate Elia soprattutto per farsi curare gli occhi da medici in servizio presso la curia papale. Per questo motivo è inscindibilmente legata alla vicenda francescana la Valle reatina e soprattutto gli eremi di Fonte Colombo, La Foresta, Poggio Bustone e Greccio, luogo divenuto celebre per il suo nesso con la nascita del presepe.
Dopo che il 29 Novembre 1223 Papa Onorio III confermò la Regola dei frati Minori con la bolla Solet annuere indirizzata a frate Francesco questi andò a Greccio dove celebrò il Natale. Sebbene la Messa liturgicamente più importante fosse quella del giorno, l’Assisiate volle solennizzare in modo particolare quella della notte e preparare il bue e l’asino, animali biblici assenti nel Vangelo ma provenienti dal capitolo primo del libro del profeta Isaia. Sopra la mangiatoia – in latino praesepe – venne celebrata l’Eucaristia nella quale Francesco quale diacono proclamò il Vangelo; il tutto in sintonia con quanto scrive nell’Ammonizione I secondo cui come «dalla sede regale discese nel grembo della Vergine» così «ogni giorno egli viene a noi in apparenza umile; ogni giorno discende dal seno del Padre sull’altare nelle mani del sacerdote» (Amm I FF 141).
Tale avvenimento fu considerato così importante nella vita del Santo che non solo Tommaso da Celano lo pone a spartiacque nella narrazione della vita di Francesco ma in breve tempo sul luogo di Greccio vi fu costruita una chiesa. Tale eremo divenne un riferimento per coloro che vollero vivere il Vangelo con San Francesco tanto che qui non solo visse Giovanni da Parma al termine del suo generalato mentre era Ministro generale Bonaventura da Bagnoregio, ma anche vari frati desiderosi di una maggior radicalità tra cui Stefano Molina che nel secolo XVI diede inizio alla riforma della più stratta osservanza.
La celebrazione del Natale a Greccio fu ispiratore della raffigurazione plastica della natività tra cui eccelle quella fatta alla fine del secolo XIII da Arnolfo di Cambio su commissione del Papa francescano Nicolò IV per la Basilica romana di Santa Maria Maggiore. Sarà solo secoli dopo che per opera di un frate del Convento dell’Aracoeli in Roma si cominciò a dire che San Francesco inventò il presepe e così Greccio divenne l’eremo di tale invenzione oramai globalizzata. La visita di Giovanni Paolo II nel 1983 e più recentemente di Papa Francesco confermò e diffuse maggiormente tale intuizione francescana.